Salah satu modul utama dalam e-Puskesmas adalah modul pemeriksaan. Modul ini terdapat pada aplikasi client desktop maupun client website e-Puskesmas. Modul pemeriksaan adalah modul yang akan digunakan Petugas disuatu poli/ruang untuk melakukan seluruh kegiatan pencatatan data pemeriksaan pasien. Data yang akan diinputkan pada modul ini antara lain data keluhan utama, anamnesa, diagnosa penyakit, tindakan serta obat apa saja yang dibutuhkan oleh pasien.
Modul pemeriksaan dapat berfungsi sebagai rekam medik (medical records) pasien, dokter dapat mengetahui penyakit yang diderita pasien dan obat yang pernah dikonsumsi. Selain dapat melihat rekam medik pasien, dokter juga dapat melihat rekam medik dalam satu keluarga pasien. Semua ini hanya dilakukan dengan satu klik tanpa melihat atau mencari dalam tumpukan-tumpukan kertas.
Data yang telah diisikan dalam modul pemeriksaan ini selanjutnya akan dikirimkan ke server pusat e-Puskesmas. Data-data dari modul inilah yang akan direpresentasikan oleh e-Puskesmas Reporting System yang secara langsung dapat dipantau oleh Dinas Kesehatan.
Fitur-fitur menarik lain yang terdapat dalam modul pemeriksaan antara lain:

1. Pencacatan data pemeriksaan (medical records)
2. Pembuatan resep, surat keterangan sehat dan surat dokter otomatis
3. Pembuatan laporan (Rekap Penyakit, LB-1, LB-2, LB-3, LB-4, LK-3, LK-4, dan Rujukan)
4. Pemanggilan antrian secara multimedia
5. Riwayat pemeriksaan individu maupun keluarga