Modul obat mengakomodasi pencatatan data kebutuhan dan transaksi obat-obatan (pencatatan obat masuk dan obat keluar) pada Puskesmas. Administrator dan user pada bagian apotek dapat melihat stok obat yang tersedia di Puskesmas dan saat terdapat stok minimal, sistem akan memberikan peringatan bahwa stok obat hampir habis.
Selain mengakomodasi kebutuhan transaksi obat, e-Puskesmas juga memberikan fitur history obat. History ini berisi pencatatan banyaknya transaksi obat keluar yang dapat diklasifikasikan berdasarkan periode tertentu yang dilakukan secara otomatis oleh sistem.
Fitur lain yang ada pada modul obat adalah:

1. Melihat histori penggunaan obat.
2. Melihat stok obat yang tersedia.
3. Menambah obat baru.
4. Mencatat transaksi obat masuk.
5. Mencatat transaksi obat keluar.
6. Peringatan jumlah minimal stok obat, dan lain sebagainya.