Modul administrator adalah tempat dimana seorang administrator di suatu Puskesmas dapat mengatur segala keperluan tentang data, pengguna, dan pengaturan mengenai sistem e-Puskesmas. Modul administrator ini mempunyai akses yang tidak terbatas dalam hal pengolahan data. Administrator dapat menambah, mengubah maupun menghapus data pada sistem.
Pada jendela administrator terdapat beberapa menu dengan fungsi-fungsi tertentu. Diantaranya terdapat menu user, menu manage, menu setting, dan menu help. Menu-menu pada modul administrator telah mencakup seluruh kebutuhan dari setiap modul pada e-Puskesmas. Apabila administrator melakukan perubahan data di salah satu menu, maka data yang berhubungan dengan menu tersebut di modul tertentu akan berubah juga.